به صورت طبیعی برخی باکتری‌ها، نباتات، حجرات انسانی، پیپتایدهای ضد میکروبی کوتاه‌تر از 100 امینواسید تولید می‌کنند که در دفاع از میزبان در برابر پاتوژن‌های مختلفی از جمله باکتری‌ها، قارچ‌ها و وایروس‌ها نقش دارند. پیپتاید ضد میکروبی نیسین مربوط به کلاس انتی‌بیوتیک از خانواده باکتریوسین‌ها، با اتصال به لیپید II در سطح باکتری‌های گرم مثبت مانع از سنتز پپتیدوگلیکان شده و باعث ایجاد منفذ در غشای باکتری و مرگ آن می‌شود. پلی میکسین‌ها لیپوپپتیدهای حلقوی هستند که به دلیل داشتن عوارض کلیوی و عصبی در خط آخر تداوی علیه باکتری‌های گرم منفی مقاوم به انتی‌بیوتیک مورد استفاده قرار می‌گیرند. این پیپتایدها با اتصال به LPS و اختلال در عملکرد غشای باکتری اثر ضد میکروبی خود را اعمال می‌کنند. داپتومایسین ساختاری مشابه با پلی میکسین‌ها داشته که چند واحد از آن در غشای باکتری گرم مثبت ایجاد منفذ کرده و موجب نشت پتاسیم و مرگ باکتری می‌شود. پیپتاید به دست آمده از حجرات گاو به نام ایندولیسیدین علیه میکروارگانیزم‌های مختلف فعالیت می‌تواند داشته باشد که مکانیزم آن مهار سنتز DNA و پروتئین می‌باشد. مگینین و پکسی گانان با ساختار آلفا-هلیکس علاوه بر ایجاد منفذ در غشای میکروب، باعث تکه تکه شدن DNA، آپوپتوز و مرگ آن نیز می‌شوند. با توجه به جوانب مثبت ذکر شده در مورد این پیپتایدها، معایبی چون داشتن سمیت برای حجرات انسانی و پیدایش مقاومت علیه پیپتایدها نیز وجود داشته که با تحقیقات بیشتر بر روی این عوامل ضد میکروبی، امکان استفاده گسترده‌تر از آن را در آینده می‌توان انتظار داشت.